Waldkirchen wurde erstmals in einem Buch Friedrich des 3. erwähnt, wahrscheinlich aber schon im Zuge der Besiedlung des Erzgebirges gegründet. Es ist ein typisches Waldhufendorf mit Bauernhöfen entlang des Dorfbachs. Mit der Eröffnung der Zschopautalbahn wurde Waldkirchen an das Bahnnetz angeschlossen. Der Name des Ortes leitet sich von einer Kirche ab, von der heute nur noch Reste vorhanden sind.